显微镜是一种精密的光学仪器，因此在正确使用的同时，做好显微镜的日常维护和保养也是非常重要的一环。
一、 日常维护保养
1、 防潮
光学镜片就容易生霉、生雾。机械零件受潮后，容易生锈。
显微镜箱内应该防止1-2袋硅胶做干燥剂。
2、防尘
光学元件表面落入灰尘，不仅影响光线通过，而且经过光学系统放大后，会生成很大的污斑，影响观察。灰尘、砂粒落入机械部分，还会增加磨损，引起运动受阻，危害同样很大。注意保持显微镜的清洁。
3、防腐蚀
显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起，如硫酸、盐酸、强碱等。
4、 防热
避免热胀冷缩引起镜片的开胶与脱落。
因此，生物显微镜要放置在干燥阴凉、无尘、无腐蚀的地方。使用后，要立即擦拭干净，用防尘透气罩罩好货放在箱子内。当显微镜闲置时，用塑料罩盖好，并储放在干燥地方防尘防霉。将物镜和目镜保存在干燥器之类的容器中，并放些干燥剂。
二、 机械系统的维护保养
滑动部位：定期涂些中性润滑脂。
油漆和塑料表面的清洁：顽固的污迹可以使用软性的清洁剂来清洗，建议使用硅布。
塑料部分：用软布蘸水就可以清洗了。
注意：不要使用有机溶剂（如酒精，稀释剂等）。因为会腐蚀机械和油漆，造成损坏。
三、 光学系统的维护保养
透镜的清洁
使用后用干净柔软的绸布轻轻擦拭目镜和物镜镜片。聚光镜和反光镜只要擦拭干净就可以了。有较顽固的污迹，可用长纤维脱脂棉或干净的细棉布蘸少些二甲苯或镜头清洗液擦拭，然后用干净细软的绸布擦干或用吹风球吹干。
注意：清洗液千万不能渗入到物镜镜片的内部，否则会损坏物镜镜片。纯酒精和二甲苯容易燃烧，在将电源开关打开或关闭时要特别当心不要引燃这些液体。
物镜和目镜生霉生雾的处理办法
准备30%无水乙醇 + 70%yi醚，将不同镜头单独分开放置干燥器皿中，用棉花棒，纱布，柔软的刷子等比较柔软的东西来擦拭油镜当时就要清洗。
特别是100X的油镜，处理不当的话，前片容易浸油或开胶。
目镜可以自己拆下来清洗，16X目镜注意别装反了，前片凹面在上，物镜不要随便拆下。
注意：擦洗镜头时，不能过用力，以防止损伤镀膜层。一般2个月能集中保养一次。显微镜多时，各个镜头要标号以免弄错了搭配。
四、 定期检查
为了保持性能的稳定，建议做定期的检查和保养。
综上所述，对于生物显微镜的维护保养，主要做到防尘、防潮、防热、防腐蚀。用后及时清洗擦拭干净，并定期在有关部位加注中性润滑油脂。对于一些结构复杂，装配精密的零部件，如果没有一定的专业知识，一定的技术和专业工具，就不能擅自拆装，以免损坏零部件。
