共聚焦显微镜比宽场显微镜具有更多的优势，共聚焦显微镜可以对样品做连续光学切片并排除非焦平面的信号干扰，为此共聚焦显微镜的应用也的确更为普遍。不过市面上各种各样的共聚焦显微镜越来越多，要如何进行选择呢？在选择共聚焦显微镜时，基本也重要的考虑因素主要有两点：您想要研究的样本类型（如：固定的细胞还是活细胞），以及您想要进行的检测类型（如：静态还是动态细胞过程）。
一、固定细胞的共聚焦成像
要对固定且染色了的细胞或组织成像，我们一般选择激光扫描共聚焦（LSCM）。这主要是因为固定的死细胞缺乏活细胞中的快速生物学事件，能更好的受益于LSCM较高的空间分辨率。LSCM成像是通过激光对样品进行光学层切，扫描速度（取决于扫描阵镜速度）一般为1fps。曝光时间越长意味着光漂白的风险越大，但对于固定的死细胞，时间并不是很关键，我们可以通过拍多张图片来平均。
二、活细胞的共聚焦成像
成像活细胞需要额外的保护，以免不友好环境的干扰。在成像时，我们首先需要考虑的是保持细胞的活性和健康，恒温加热元件和灌流系统是的，尤其对于进行time-lapse（时间序列）的研究来说。控制活细胞生理状态的快速生化事件是大多数人想要研究的，但这些事件对于传统LSCM来说太快了。此外，LSCM的长时间曝光还会引发毒性光照损伤细胞。因此，对活细胞进行成像会需要特殊的共聚焦显微镜。
