共聚焦显微镜比宽场显微镜具有更多的优势，共聚焦显微镜可以对样品做连续光学切片并排除非焦平面的信号干扰，为此共聚焦显微镜的应用也的确更为普遍。不过市面上各种各样的共聚焦显微镜越来越多，要如何进行选择呢？
共聚焦显微镜比宽场显微镜具有更多的优势，共聚焦显微镜可以对样品做连续光学切片并排除非焦平面的信号干扰，为此共聚焦显微镜的应用也的确更为普遍。不过市面上各种各样的共聚焦显微镜越来越多，要如何进行选择呢？在选择共聚焦显微镜时，zui基本也zui重要的考虑因素主要有两点：您想要研究的样本类型（如：固定的细胞还是活细胞），以及您想要进行的检测类型（如：静态还是动态细胞过程）。
固定细胞的共聚焦成像
要对固定且染色了的细胞或组织成像，我们一般选择激光扫描共聚焦（LSCM）。这主要是因为固定的死细胞缺乏活细胞中的快速生物学事件，能更好的受益于LSCM较高的空间分辨率。LSCM成像是通过激光对样品进行光学层切，扫描速度（取决于扫描阵镜速度）一般为1fps。曝光时间越长意味着光漂白的风险越大，但对于固定的死细胞，时间并不是很关键，我们可以通过拍多张图片来平均。
活细胞的共聚焦成像
成像活细胞需要额外的保护，以免不友好环境的干扰。在成像时，我们首先需要考虑的是保持细胞的活性和健康，恒温加热元件和灌流系统是的，尤其对于进行time-lapse（时间序列）的研究来说。控制活细胞生理状态的快速生化事件是大多数人zui想要研究的，但这些事件对于传统LSCM来说太快了。此外，LSCM的长时间曝光还会引发毒性光照损伤细胞。因此，对活细胞进行成像会需要特殊的共聚焦显微镜。
对活细胞进行共聚焦成像一般有两个选择：快速扫描的激光扫描共聚焦和转盘共聚焦。快速扫描共聚焦显微镜用较快的共振扫描阵镜（resonantscanningmirrors）取代较慢的galvanometersmirrors，能使扫描速度达到30fps；而转盘共聚焦（SDCMs）的优势在于扫描速度更快（虽然不可避免的要损失空间分辨率），其速度理论上可达到2000fps（实际上往往受到其他因素的限制）。
如果您担心光漂白或者很弱的荧光信号，那么SDCM可能更加适合。SDCM采用两个带有阵列微孔的转盘转动来分散激发光，不同于LSCM对样品进行点扫描，SDCM一次采集多个点（大约100个像素点），因而速度大大增加，并且SDCM的光漂白及光毒性更小。不过，您也可以采用快速扫描共聚焦来提高扫描速度，配合高灵敏检测器，降低激发光能量来减少光毒性，这样能够保证传统共聚焦的丰富功能。
