一般显微镜从用途上可以分为工业用显微镜和生物用显微镜。
工业显微镜，顾名思义，主要是应用在工业上，因物镜与观察体距离较大，可进行镜下操作，可视范围教大。而工业上的应用主要就是观测材料，工业材料大部分非透明的，比如金属、复合材料、电子半导体器件。
相对于生物显微镜主要应用于生命科学领域，观测的主要是细胞、病菌、组织等等，绝大多数是透明物体。由于观察试样的透明与非透明也就决定了两种显微镜在结构上的最大不同：光路的不同，工业显微镜大多是反射照明光路既落射式照明(也有一些是带有透反两个光路或应用在地质方面的纯透光路)，而生物显微镜除了荧光显微镜之外都是纯透射镜组，没有反射光路。在透镜组的材料使用方面也与普通生物显微镜有所不同，根据不同品牌，透镜组的材料不同。
